SimGlycan 软件

SimGlycan 软件

仅限研究使用,不可用于诊断程序。

SimGlycan 软件(PREMIER Biosoft 的产品)可以从 SCIEX 质谱仪采集的 MS/MS 数据预测聚糖和糖肽结构,从而促进糖基化位点和翻译后修饰的鉴定。该软件可直接处理 *.t2d 和 *.wiff 文件。可以使用 SimGlycan 5.4 版(及更高版本)处理从所有 SCIEX 仪器生成的数据,该软件新增了对 MIDAS™ 工作流程的支持。包括一份永久使用许可。第一年可免费获得软件功能(包括数据库内容)的任何升级。此后,要继续获得产品的新升级,每年都必须通过向 PREMIER Biosoft 支付当年的许可证费用,续约该许可证。此软件还可以从 PREMIER Biosoft 网站下载。

概述

主要特性:

  • 聚糖/糖肽 MS/MS 数据分析:通过在批处理模式下使用专有的搜索算法将 MS/MS 数据与 PREMIER Biosoft 数据库中的理论碎裂进行匹配,可以鉴定聚糖/糖肽结构。
  • 有效评分:SimGlycan 通过将母离子 m/z 和保留时间*(可选参数)作为初始搜索关键词来创建候选结构的列表。候选结构根据与其对应的理论碎片离子匹配的观察峰进行评分。与质谱中观察峰解释的单糖成分和碎裂模式匹配程度最高的候选结构将被赋予最高分数。如果很大比例的成分和碎裂模式未被观察峰解释,分数将降低。
  • 强大的数据库: SimGlycan 数据库是一个大型关系数据库,包含 22,456 种聚糖、22,814 种糖蛋白、11,438 种已知生物来源的聚糖、11,918 已知类别的聚糖、263 种生物化学反应、194 种生化通路、250 种聚糖相关的酶和 9,521 种其他数据库链接。数据库会持续更新。
  • 创建聚糖模板*:存储聚糖结构和其他相关信息,如 LC 保留时间、柱详细信息、聚糖类别、生物来源、通路、反应、酶和其他公共数据库的链接。用户可以通过导入相应的 KEGG 化学功能 (KCF) 格式文件,将聚糖添加到数据库。允许批量添加多个 KCF 文件。
  • 下载 MIDAS 数据库*:来自 MIDAS 并包含精确策划聚糖结构的聚糖模板可供下载。您可以将模板导入到程序作为自定义数据库,并限制聚糖和糖肽仅搜索此模板,从而在分析这些糖蛋白的同时消除假阳性。
  • 用于糖肽 MS/MS 数据分析的简单工作流程:可以通过指定附加肽部分的序列或质量来执行糖肽的结构分析。提供多个选项,以高通量方式执行单肽和多肽搜索。
  • 直接兼容性 Analyst 软件可以导入由所有 SCIEX 质谱仪生成的实验 MS/MS 数据,使您能够使用配套软件的功能直接从 Analyst TF 1.6 和 Analyst 1.6.2 软件启动。
  • 绘制并比较:SimGlycan 使用户可以绘制和编辑聚糖和糖肽结构,然后将所绘制结构的理论数据与实验数据比较。
  • 衍生聚糖:除了未衍生的释放聚糖,还可以分析使用全甲基化或化学衍生处理并用于减少末端修饰的聚糖。通过指定修饰的增加质量,可以在数据库中搜索包含自定义还原端修饰的聚糖。
  • LC-MS 数据处理:可处理液质联用(LC-MS) 和 MS/MS 数据,用于峰检测、分子特征识别和自动 MS/MS 数据分析。从不同 LC-MS 运行鉴定的聚糖/糖肽可以基于保留时间对齐,便于比较分析。
  • 聚糖定量*:SimGlycan 可基于自定义和标准同量异位报告离子的强度促进聚糖的相对定量。

*仅在 SimGlycan 企业版中提供

充分利用 SCIEX 仪器的独特功能:由于其大质量范围、高灵敏度、软解吸和电离,MALDI 飞行时间 (MALDI-TOF™) 质谱法被广泛用于非衍生化寡糖和多糖的分子量确定。传统上,源后裂解 (PSD) 已用于结构分析,这种方法可以提供与序列和分支相关的信息;不过,由于缺乏丰富的环内裂解,可以从此类实验中推断出来的关联信息非常有限。

MALDI TOF/TOF 系统在 SCIEX 仪器中独树一帜,高能量 MS/MS 可形成丰富的用于碳水化合物分析的环内碎裂(A 和 X 离子),并具有良好的母离子选择性。这一特性可以获得连锁位置和分支点的更多相关信息,允许在 SimGlycanTM 软件中行常规的自动化搜索,以便准确地鉴定和表征多糖,无需任何二次实验。

QTRAP 系统是独特的三重四极杆/线性离子阱复合仪器,三重四极杆的扫描功能(母离子扫描、MRM™)与高灵敏度的离子阱 MS/MS 和 MS3 扫描相结合,可以进行高灵敏度、高选择性的实验,分析多糖和糖肽。由于 QTRAP® 系统独特的仪器构造,MS/MS 图谱消除了 3D 离子阱的低质量截止效应。还可获得 MS3 碎片图谱,用于对诊断碎片进行机理研究,从而对预测性 SimGlycan 软件搜索结果进行确认。

QTRAP® 6500 系统的质量上限为 2000 m/z,可以充分检测含有聚糖和糖肽的复杂、混合、高甘露糖类型。编程 MRMTM Pro 算法的扩展软件功能支持治疗抗体的定量糖肽分析:

  • 分组触发 MRM 通过在糖肽的一级离子对高于设置阈值时仅采集二级离子对,提高了停留和周期时间。因此,可以筛查更多糖肽。
  • 分组触发 MIDASTM 工作流程可在检测到糖肽的多个一级离子对时仅触发 MS/MS。

提高了糖肽靶向检测的效率,且不需要富集策略。